Avdelningen Hav och Vatten ansvarar för det samlade arbetet med havs- och vattenfrågor för att situationen för våra hav- och sötvattensmiljöer ska förbättras. De genomför projekt samt påverkansarbete nationellt, regionalt och internationellt, särskilt inom de strategiska geografierna Sverige/Östersjön, Arktis, Östra Afrika och Sydostasien. Inom avdelningen Hav och Vatten finns även de internationella programmen Baltic Ecoregion Programme och Arktiska programmet.
Arbetet sker inom områden som till exempel övergödning, restaurering och skydd av kustområden, fiskförvaltning, havsförvaltning, WWFs Fiskguiden, marina skyddade områden, restaurering och skydd av våtmarker, samarbeten inom Water Stewardship samt att bevara populationer av akut hotade floddelfiner. Prioriterade artgrupper är isbjörn, valar, hajar, havssköldpaddor och valross.
På den här avdelningen jobbar bland annat programsamordnare, kommunikatörer och sakkunniga inom hav, vatten, fiske, jordbruk och kustområden.