Avdelningen Hav och Vatten ansvarar för det samlade arbetet med havs- och vattenfrågor för att situationen för våra havs- och sötvattensmiljöer ska förbättras. De anställda genomför projekt samt bedriver påverkansarbete nationellt, regionalt och internationellt, särskilt inom de strategiska geografierna Sverige/Östersjön, Arktis, Östra Afrika och Sydostasien. Inom avdelningen Hav och Vatten finns även de internationella programmen Baltic Ecoregion Programme och Arktiska programmet.
Arbetet sker inom områden som exempelvis övergödning, restaurering och skydd av kust- och skärgårdsområden, inkluderande naturvård i samarbete med lokala aktörer, fiskförvaltning, havsförvaltning, WWFs Fiskguide, marina skyddade områden, havsbaserad vindkraft, restaurering och skydd av våtmarker, fritt strömmande vatten samt att bevara populationer av akut hotade floddelfiner. Prioriterade artgrupper är isbjörnar, valar, hajar, havssköldpaddor och valrossar.
Här jobbar bland annat programsamordnare, kommunikatörer och sakkunniga inom hav, vatten, fiske, jordbruk och kust- och skärgårdsområden.